ある病原体の産生する毒素のみを予め抽出して、無害なレベルまで薄めたものを人体に接種し、その毒素に体を慣らすもの。厳密にはワクチンに含めないという考え方もある。また、体内に病原体を直接攻撃する抗体を作らせるわけではない。ジフテリアや破傷風などに用いられているが、近年ジフテリア・破傷風に対する生ワクチンも開発途上にあり、これらはいずれ生ワクチンに取って代わられると思われる。
接種間隔 [編集]
日本には他国では見受けられない厳密な接種間隔の遵守法則がある。まず、原則として複数のワクチンを同日接種しないこと、生ワクチンの後は4週間以上あけ、不活化ワクチンの後は1週間以上あけること。ただし添付文書には「医師の判断で必要と認められた場合には」同日複数接種も可能と記載されている。この際、日本名物として、1肢に1ワクチンというルール（アナフィラキシーが生じた場合では意味がないが、化膿菌等は含まれていた場合には、原因のワクチンを特定しやすい）を選択している医師も少なくない。更に、皮下注射の接種を上肢三角筋部にしているのもこの国特有といえよう。ただし、厚生労働省発行の予防接種ガイドラインには、諸外国と同様に皮下接種は原則として上腕伸側の皮下が指定となっている。
それでは、WHOや米国のCDCが定めるスタンダードを紹介する。希に例外はあるが、原則として、
生ワクチン同士は同日、または4週間以上あける
生ワクチンと不活化ワクチンは、どちらが先であっても、接種間隔に規制はない。
不活化ワクチン同士もまた、同時でも、いつでも接種可能である。ただし、同一のワクチンには指定された間隔がある。
免疫グロブリンと一部の生ワクチン（グロブリン製剤に含まれる抗体に依存する）には特定の間隔が個別に存在することがある。
ほかに、メーカー指定で、
経口生チフスと経口不活化コレラワクチンは8時間の間隔を開ける。
などである。このように、同日接種を行うことによって、安全性・効果（免疫応答）が変化・相乗することは無いと考えられている。
一度に接種できるワクチンの数に制限はない。理論上の計算に過ぎないが、生後2ヶ月の乳児の免疫学的限界は不活化ワクチン1000本としている文献もある。
また、同日接種の際、ワクチン同士は凡そ1インチ（2-3センチ）離れていれば問題ない。
接種部位
皮下接種：上腕伸側を中心とする領域。
筋肉内注射：満4歳未満は三角筋の発達が未熟なので、大腿四頭筋外側頭中程。それ以上の年齢では、同部位よりも三角筋が選択される。なお、臀部への筋注は吸収率や免疫応答がよろしくないので、接種してはいけない。
皮内接種：狂犬病ワクチンの変則的投与では、指定箇所がある。その他に関しても、添付文書を参照されたし。
1肢1本接種は上記免疫応答理論や接種本数の制限を受けてしまうので、受診者・渡航者の立場からは現実的ではない。また同日接種を否定することも、現実的で無いどころか世界的に観ても非常に奇妙な風習といえよう。日本で1回につき1本となっているのは、全身反応が生じた際の責任ワクチンの同定のためであると考えられるが、世界でその様な議論も出ないことも念頭に置くべきである。
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さらに、日本以外で使用されているワクチン類は、海外で生活されている邦人も東洋人も通常接種されている。海外文献や症例報告などで「日本人」「東洋人」を「要注意投与」または「禁忌」または「減量投与」と指定・提案しているものは見あたらない。よって、日本人に外国製のワクチン（WHO認定ワクチンに限定して）と接種用法などを敬遠する医学的根拠は現実的には考えられない。
治療薬に限って言うと、結核症の治療薬であるINHA、高血圧の治療薬であるカプトプリルなどにも、治療量には民族差があることが分かっている。また、結核症などの感染率にも、ヨーロッパでは東欧のロマとコーケイジアン（白人）の間では大変大きな人種民族上の違いがあることが分かっている。さらに、黒人系民族にはアンジオテンシン受容体ブロッカーの有効率が低いということも知られている。検査値では、同民族はクレアチニン・フォスフォカイネース(CK)値が、他より高値に出ることもある。また、ハンセン氏病の掛かりやすさにも人種差があることが分かっている。従って、国家が国籍登録して所属するほぼすべての民族毎に大きな差異がないかどうかを常にサーベイランスをすることが重要であるし、新規のワクチンの使用に当たっては、また、承認しない理由においても、その効果においてワクチン原産国と厳密な人種差がないことを確認したうえで、さらに臨床使用経験を積み、調査をし、その結果を速やかに反映し、中止ないしは積極的な使用の勧告をすることはすることは当然の義務であり、かつ、長期居留外国人に対しても（納税者である以上）、彼らに対する妥当な勧告をする必要がある。となると、日本よりも多民族国家である欧米各国は（治療薬では行われており、さらに職業別にも。）ワクチンの治験データを諸民族毎に分別し、発表・勧告するのが妥当であるということになる。在外国日本人が現地で日本以外産のワクチン接種を行った場合のデータの蓄積も行うのが、データ集積には有益であると思われる。
生ワクチンである麻疹ワクチンと、同じ生ワクチンである風疹ワクチンを混合した場合には、どちらの弱毒ウイルスによる免疫が出来るのかは、その生ワクチン接種理論（生ワクチン接種後は、30日後迄は別の生ワクチンを使用してはならない。なぜならば、免疫源性がこの時期は侵されるから。次の生ワクチン接種が減弱ないし無効となる）上は不明である。しかしながら、2006年から実施されているのは、実地試験で十分に試されたからであろう。また、アメリカ合衆国等では、同時接種は良く行われている。弱毒ウイルスワクチンを接種して、不顕性感染した個体からは、インターフェロンが大量に産生されるために、28日間は別の種類のウイルス感染が起こらない仕組みとなっている。従って、生ワクチンをその期間内にするのは害はないが無意味であり、逆の意味では、生ワクチン接種をして有効な感染防御の必要な程度まで抗体価が上がると期待してしまうなどの大きな誤解が生じる。従って、別の生ワクチンは、30日を越える迄は接種出来ず、同一日にするしかないのである。つまり、実利上の問題（小児の場合は発熱などの問題があり、厳密に従来の接種間隔を適応すると、すべてのワクチンを期間内で接種し終えることができないことが多い。同日接種が大変有効である）といえよう。