ファンファン（スープレックス）
「大王の逆襲」や「真・格闘王への道」で登場する中ボス。『星のカービィ 夢の泉デラックス』や『星のカービィ 鏡の大迷宮』で登場する。白い身体の象。攻撃方法は、長い鼻を活かし、リンゴやプレイヤーを投げ飛ばしたり、体を丸めて転がったりする。
ファイアーライオン（ファイア）
「大王の逆襲」や「真・格闘王への道」で登場する中ボス。『星のカービィ 夢の泉デラックス』から。その名の通り炎をまとったライオン。「大王の逆襲」の最終ステージでは2体同時に出現する。噛み付いたり、体当たりしてきたりとかなりダイナミックである。
グランドウィリー（ホイール）
「大王の逆襲」や「真・格闘王への道」で登場する中ボス。『星のカービィ 夢の泉デラックス』から。ウィリーが巨大化したものである。攻撃方法は、自ら突進してきたり、ウィリーを吐き出して攻撃する。
Mr.チクタク（マイク）
「大王の逆襲」や「真・格闘王への道」で登場する中ボス。『星のカービィ 夢の泉デラックス』からの再登場。目覚まし時計の姿をした敵。攻撃方法は、アラームで攻撃したり、音符を飛ばして攻撃する。
全体的に既存の中ボス達より体力が多い。攻撃パターンは原作に限りなく近い再現がされているが、強化された部分も存在する(Mr.チクタクの飛ばす音符の数が6個に増量、ファイアーライオンのバーニングアタックがステージの端まで飛び続ける、など)。
ピンク バター 天使ノタ マルチ 華の段 メロン カーリング ゲットー バイオガス ハンカチ ハンドマ チューリン バナナ レパシー サープラ ロザリ キンリー ウエス シェリフ アンソ チェロ さらくやし ピーエル ギング モノキ トリポ ラップカ ハイデ 枸橘 高麗人参 リベラル ワイル ブレーキ ちょうせき トレーダー カモミー アージュ リム いっきく おのえ フィナーレ ゴニウム ノギス ソフト スポイル マベパール ラクトース きわの マフィン ングイン
バンダナワドルディ
「大王の逆襲」の最終面で登場。SFC版の「格闘王への道」に登場したワドルディと同じく体力だけは多いが、やはり吸い込みで瞬殺出来る。「格闘王」にも「ワドルディ」がバンダナを巻いて登場。SFC版と違って鈍足ながら前へ歩き時々ジャンプするので、ほんの少しだけ強化されている。
デデデ大王の側近であるらしく、会話にも登場する。
ボスキャラクター
グランドドラゴン
バトルウィンドウズの敵の一体、レッドドラゴンとの差し替えで登場した新ボス。グランド（大地）なだけに体も土色となっているが、根本的な攻撃内容はレッドドラゴンと変わらない。
ウィスビーウッズ リベンジ（Whispy's Revenge）
「大王の逆襲」1面に登場する毒々しい紫の体になった強化ウィスピーウッズ。攻撃パターンが強化されており、落下物にゴルドー、吸い込めないジャンボけむし、吸い込むとダメージを受ける毒リンゴが追加されている。口からは空気弾の他に、新たに竜巻を吐き出す。
ロロロ&ラララ リベンジ（Lololo&Lalala's Revenge）
「大王の逆襲」2面に登場する。『星のカービィ』で登場した時のように、四段の足場で登場。基本的な攻撃パターンは変わっていないが、時間が経つとゴルドーが単体で登場する。また、ロロロかラララをどちらか倒すと、残った方は移動速度がアップする。
クラッコJr リベンジ（KrackoJr's Revenge）
「大王の逆襲」3面に登場する毒々しい紫のクラッコJr。高速スピードによる体当たりやボム投下など、かなり強化されている。中ボスでありながら「真・格闘王への道」でも登場する。
クラッコ リベンジ（Kracko's Revenge）
「大王の逆襲」3面に登場する雷雲のようなクラッコ。移動スピードが大幅に上がり、新たに八方向への放電攻撃「クロスサンダー」が追加された。
飛行砲台カブーラー（Kaboola）
「大王の逆襲」でクラッコを撃破した後、マウントデデデ（デデデ大王の城）上空でカービィに襲い掛かる。第1作目『星のカービィ』から再登場のボスで、飛行船と大砲のデザインが凶悪さをイメージさせるものに変わった。「ゴルドー弾」やキラーのような大型ミサイル「カブーラー・カノン」など初登場時より多彩な攻撃を行うが、普通の砲弾は破壊可能になっている。カービィはスターシップに乗って横シューティングで戦う。
新ラストボス（四天王）
マスクドデデデ（Masked Dedede）
「大王の逆襲」におけるラストボス。『大乱闘スマッシュブラザーズX』でデデデ大王が使っていたハンマーを彷彿とさせる「ニューデデデハンマー」を携え、カービィとの長年の因縁に決着をつけようとする。メタナイトを多分に意識しているらしく、「メタナイトの逆襲」のパロディを演じ、鋼鉄の仮面をかぶって登場。対決前に（ソードではなく）ハンマーを渡してくれる（「真・格闘王」ではハンマーは投げない）。当たるとダメージを受ける電流の流れた金網に囲まれるステージで、凄まじい連続ヒット数と削り判定を誇る「デデデトルネイド」等の新技を披露。近年の弱体化傾向からは想像もつかない強さになっている。「デデデ大王」の項も参照。
ワムバムジュエル（Wham Bam Jewel）
「ヘルパーマスターへの道」におけるラストボス。決勝戦で魔神ワムバムロックを倒すと登場。ワムバム族の王で、目が三つ目になり、手がダイヤモンド状になっている。ワムバムロックの攻撃内容が強化され、指からビームを出す「フィンガーピストル」、ガード不可能の「グライドパンチ」など新しい攻撃パターンも追加された。多分に漏れず、体力が少なくなると攻撃速度が段違いになるため、隙が少なくなる。
ギャラクティックナイト（Galacta Knight）
「メタナイトでゴーDX」におけるラストボス。強大な力を持つ故に恐れられ封印された最強の銀河剣士。剣の道を究めるべく強者との戦いことを望むメタナイトが、ギャラクティック・ノヴァに頼んで蘇らせてもらった。メタナイトに似ているが、武器が西洋の騎士が持っているようなランスと盾、天使のような青紫の翼、十字型の覗き穴と角の付いた仮面、ピンク色の身体など、細かな違いはあるためメタナイトのリファイン版と思われる。攻撃もメタナイトとよく似た剣技に加え、周回するレーザービームを出す「レボリューションソード」やメタナイツのクローン（全員紺色を基調としたカラーリングに変更されている）の召喚などもしてくる。よけづらい攻撃の多いが、このボスは地面から浮いた位置をふわふわ飛んでいるため、しゃがめば通常の切り付けや、まともに食らうと大ダメージの「ハイパーラッシュ」も完全回避が可能になり、竜巻攻撃の際も予備動作中は歩いて下を回れるため、ガードするより大きく活躍する。「ムーンショト」のビームからはソードのコピーが手に入る。
マルク ソウル（Marx Soul）
「真・格闘王への道」におけるラストボスにして本作の事実上の真のラストボス。カービィに倒されノヴァに激突し、消滅したと思われていたマルクがノヴァの残骸と融合。その力を取り込んだ結果、より邪悪な存在となって蘇った。表情や笑い声などがより狂気を帯びたものへとなり果てたおぞましい姿はマルクの醜悪な本性を大きく象徴したものと言える。攻撃内容が強化されており、殆どの攻撃がガード削りかガード無効になっている。さらに体力が少なくなると、攻撃テンポそのものが上がり、ダメージを与えること自体が難しくなってくる。使ってくる技の一つである「ブラックホール」はマルクと同じく、一撃で体力を5割近く失う。
新たな攻撃手段として、『タッチ!カービィ』の最終ボス「ドロシア ソウル」と類似した攻撃パターンとして、無数のペイントボールを降らす「マルクスプラッシュ」、ガード不能な「デッドリーボウル」を繰り出す。「マルクスプラッシュ」からはペイントの能力も手に入るが、耐性を持つため吐き出して攻撃したほうがダメージが大きいほどである。
倒されると体が真っ二つに裂け、断末魔を上げて消えていくというグロテスクなシーンを見せる。
スーパーファミコン版との違い
基となったスーパーファミコン版との明確な変更点などを挙げる。ただし、前述してきた追加要素はここでは省略する。
扱える情報量が圧倒的に多くなった事により、全体的なグラフィックの向上だけでなく、各々のキャラクターのアニメパターンが大幅に追加された。
スーパーファミコン版に存在したバグが殆ど無くなった（完全に無くなった訳ではなく、まだ幾つか残っている）。
カービィ・ヘルパーの状態を表すグラフィックがシンプルなピクトグラムに変更された。しかしスーパーファミコン版のものが完全に無くなった訳ではなく、コピー能力技の一覧表の説明文部分で流用されている。
アクション時やボス戦時にポーズにするとオリジナルでは静止画面になるだけだったが、今回は全てゲームおよびコピー説明画面に移動する。
コピー能力の説明文が全て新たに書き下ろされている。また、一部のボス戦でポーズをかけると、そのボスだけの説明文が表示される。
プラズマをコピーした時のカービィの体の色が、スーパーファミコン版ではピンクのままだったが、今作では緑色に変色するようになった。
魔人ワムバムロックの目や口など顔のパーツがそれを模した石版に変更され、外見が大幅に変わった。
各モードのオープニング、エンディングやゲーム中に挿入されるイベントデモが全て3DCGで作り直されている。なお、ゲームを完全クリアすればSFC版のデモを見ることができる。
カービィの吸い込み範囲が改善され、貫通弾を作りやすくなった。
受ける技にもよるが、ボスがダメージを受けた際に発生する無敵時間がやや延びた。これにより、単なるゴリ押しでは倒しにくくなった。
ボスの一部の挙動がスーパーファミコン版と異なっている。
ボスキャラクターの｢体力減少で行動パターン変化｣のタイミングが、｢銀河にねがいを｣では通常の場合よりも大分早まっている。
体力が0になると「その場で爆発して消える」だけだったボスにも、専用のやられグラフィックや演出が追加された。これとは逆に、ガメレオアームは登場時の演出が追加され、「背景と同化する」という自身の特徴を端的に表したものとなっている。
ガメレオアームの変色バリエーションが大幅に増えた。更にスーパーファミコン版では通常色が緑だったのに対し、今回は戦うたびに最初の体の色が変化するようになった。
洞窟大作戦のお宝｢ふはつだん｣の差し替えにともなってか、バトルウィンドウズの一体｢おどるにんぎょう｣の行動のひとつ『かくミサイルのスイッチをおした!』が、『おどるにんぎょうは じばくした!』に変更された(どちらも何の効果も無いハッタリ技)。
バトルウィンドウズ戦で表示されるメッセージのバリエーションが増えた。特にカービィが何らかの能力をコピーすると、それぞれのコピー能力の特徴に合わせて「○○をそうびした!」「○○をおぼえた!」などと表示される。
全体的にメッセージ内容がわかりやすい一般的な言葉になっている。
「銀河にねがいを」のノヴァ内部ステージに調整が加えられ、敵の発射する弾がスターシップの弾で相殺できるようになった。地形はスーパーファミコン版よりも狭くなった部分が多く、より接触する危険性が高くなった(本作、原作ともに、スターシップ搭乗時に地形に接触すると大ダメージを喰らう)。
新モードの搭載にあわせ、新規にBGMが作られた。中には過去作品のアレンジも存在する。
既存のモードにおける一部のボス戦BGMが差し替えられ、魔人ワムバムロックと、特にダイナブレイドには『カービィのエアライド』に合わせて、第1作目『星のカービィ』のキャッスルロロロのアレンジ曲が充てられた。
無敵キャンディで中ボスを一撃で倒せなくなった｡
既存のBGMは、基本的に原作に極力近い再現がなされているが、SEは一部差し替えられた部分や新たに追加されたものが存在する。特にマルクの声は新規に作り直されており、声だけで数パターン用意されている。
初心者の部屋の「はるかぜとともに」はSFC版にあった説明の後に操作の練習ができたが、今作は操作の練習ができなくなっている。
スターシップを使うシーンで、CPUのヘルパーを利用することができなくなった。
メタナイトやヘビーロブスター、中ボスなど一部のボスの攻撃でカービィが吸い込むことができる「星」を出す機会が増えている。また、この「星」の攻撃判定が無くなり、さらに画面上に残っている時間も大幅に延長されているなど「すっぴん」状態で戦いやすくなった。
Xボタンで各モードのオープニングを見られる機能が無くなっている。
「はるかぜとともに」最終ステージのリングでは、スーパーファミコン版と同じく観客席にマリオとルイージ、キャサリンがゲストとして登場しているのだが、今作ではキャサリンが抜けた代わりにピーチ姫、キノピオ、ワリオがゲスト出演している。また、観客の中には『タッチ!カービィ』のプクラ、『鏡の大迷宮』のビルゲ、『エアライド』のバルーンボンバーといった過去作の敵キャラクターも他の観客に混じって登場している。
ストーンで変身できる物が大幅に増えている。
一部のコピー能力の仕様が変わっている。特に「コピー」のヘルパーであるタックのみ、キャットマグナムという溜め技が追加されている。